Key info

Date:
15 September 2020

Authors:
Oliver J. Watson, Mervat Alhaffar, Zaki Mehchy, Charles Whittaker, Zack Akil, Mazen Gharibah, 51吃瓜网 College COVID-19 Response Team,  Francesco Checchi,  Neil Ferguson, Azra Ghani1, Emma Beals, Patrick Walker1, Anonymous Authors2  

1Correspondence:
a.ghani@imperial.ac.uk and patrick.walker06@imperial.ac.uk

2Anonymous Author Acknowledgements
We would also like to acknowledge the input of a dozen Syrian doctors, health officials, epidemiologists and academics who were instrumental in this analysis. They have significantly guided the study and should be considered as contributing authors but have requested to be acknowledged anonymously for security reasons.

51吃瓜网 College COVID-19 Response Team
Kylie Ainslie, Marc Baguelin, Samir Bhatt, Adhiratha Boonyasiri, Olivia Boyd, Nicholas F Brazeau, Lorenzo Cattarino, Giovanni Charles, Constanze Ciavarella, Laura V Cooper, Helen Coupland, Zulma M Cucunuba, Gina Cuomo-Dannenburg, Bimandra A Djaafara, Christl A Donnelly, Ilaria Dorigatti, Oliver D Eales, Sabine L van Elsland, Fabricia F Nascimento, Richard G FitzJohn, Seth Flaxman, Alpha Forna,, Han Fu, Katy A M Gaythorpe, William D Green, Arran Hamlet, Katharina Hauck, David Haw, Sarah Hayes, Wes Hinsley, Natsuko Imai, Benjamin Jeffrey, Robert Johnson, David Jorgensen, Edward Knock, Daniel J Laydon, John A Lees, Thomas Mellan, Swapnil Mishra, Gemma Nedjati-Gilani, Pierre Nouvellet, Lucy C Okell, Daniela Olivera, Margarita Pons-Salort, Manon Ragonnet-Cronin, Igor Siveroni, Isaac Stopard, Hayley A Thompson, H Juliette T Unwin, Robert Verity, Michaela A C Vollmer, Erik Volz, Caroline E Walters, Haowei Wang, Yuanrong Wang, Lilith K Whittles, Peter Winskill, Xiaoyue Xi

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WHO Collaborating Centre for Infectious Disease Modelling, MRC Centre for Global Infectious Disease Analysis, Abdul Latif Jameel Institute for Disease and Emergency Analytics (J-IDEA), London School of Hygiene and Tropical Medicine, London School of Economics, Google, European Institute of Peace and the Middle East Institute.

Now published in Nature Communications; 22-04-2021. doi:  

Summary

The COVID-19 pandemic has resulted in substantial mortality worldwide. However, to date, countries in the Middle East and Africa have reported substantially lower mortality rates than in Europe and the Americas. One hypothesis is that these countries have been ‘spared’, but another is that deaths have been under-ascertained (deaths that have been unreported due to any number of reasons, for instance due to limited testing capacity). However, the scale of under-ascertainment is difficult to assess with currently available data. In this analysis, we estimate the potential under-ascertainment of COVID-19 mortality in Damascus, Syria, where all-cause mortality data has been reported between 25th July and 1st August. We fit a mathematical model of COVID-19 transmission to reported COVID-19 deaths in Damascus since the beginning of the pandemic and compare the model-predicted deaths to reported excess deaths. Exploring a range of different assumptions about under-ascertainment, we estimate that only 1.25% of deaths (sensitivity range 1% - 3%) due to COVID-19 are reported in Damascus. Accounting for under-ascertainment also corroborates local reports of exceeded hospital bed capacity. To validate the epidemic dynamics inferred, we leverage community-uploaded obituary certificates as an alternative data source, which confirms extensive mortality under-ascertainment in Damascus between July and August. This level of under-ascertainment suggests that Damascus is at a much later stage in its epidemic than suggested by surveillance reports. We estimate that 4,340 (95% CI: 3,250 - 5,540) deaths due to COVID-19 in Damascus may have been missed as of 2nd September 2020. Given that Damascus is likely to have the most robust surveillance in Syria, these findings suggest that other regions of the country could have experienced similar or worse mortality rates due to COVID-19.

All software code, data, supplementary tables, analysis scripts and figures are available in an R research compendium at .

Translations

中文 - Mandarin

2020年9月15日

报告摘要31 - 估计未通报的COVID-19死亡率：以新数据源了解叙利亚大马士革的颁翱痴滨顿-19传播动态之分析
COVID-19大流行已导致全球的大量死亡。但是，迄今为止，中东和非洲国家报告的死亡率大幅低于欧洲和美洲。其一种假设是这些国家“幸免于难”，而另一种假设是死亡人数未被确诊通报（由于多种原因未报告死亡人数, 例如检测能力有限）。但是，利用当前可获得的数据很难评估未通报的程度。在此分析中，我们估计了叙利亚大马士革的未通报COVID-19死亡，根据其自7月25日至8月1日之间报告的全因死亡率数据。我们采用颁翱痴滨顿-19传播的数学模型来拟合自大流行开始以来大马士革报告的COVID-19死亡人数，并将模型预测的死亡人数与报告的额外死亡人数进行了比较。通过探索一系列有关未通报情形的假设，我们估计大马士革仅报告了1.25％（敏感性范围为1％-3％）的COVID-19死亡人数。这些对于未通报的解释亦证实了当地医院床位超标的报道。为了验证对流行动态的推断，我们利用社区上传的死亡证明作为替代数据源，这证实了大马士革在7月至8月之间有大量未通报的死亡。相较于监测报告，这样未通报的程度表明，大马士革的流行状态处于更后期的阶段。我们估计截至2020年9月2日，在大马士革有4,340例（95％置信区间：3,250-5,540例）因COVID-19导致的死亡可能被遗漏。鉴于大马士革可能拥有叙利亚最稳固的监测系统，这些发现表明该国其他地区可能有与大马士革相似或更严重的COVID-19死亡率。

所有软件代码，数据，附录表，分析脚本和图形包含于搁研究纲要：&苍产蝉辫;

日本語 - Japanese

2020年9月15日

レポート31概要 - 新型コロナウイルス感染症（颁翱痴滨顿‐19）の死亡率に関する过小把握の推定：シリアのダマスカスにおける颁翱痴滨顿‐19の动态について洞察を提供する新しいデータソースの分析

颁翱痴滨顿-19のパンデミックにより、世界中でかなりの数の人々が死亡しました。しかし、现在までのところ、中东やアフリカの国々では、欧州やアメリカ大陆に比べて死亡率が大幅に低いことが报告されています。これらの国が感染を「免れた」というのは1つの仮説ですが、死亡数が过小に把握されている（検査能力の限界など、様々な理由で报告されていない死亡数がある）という仮説もあります。しかし、现在入手可能なデータでは、过小把握の规模を评価することは困难です。本分析では、7月25日から8月1日までの间に全死因死亡率のデータが报告された、シリアのダマスカスでの颁翱痴滨顿-19による死亡率の过小把握の可能性を推定しています。私たちは、パンデミック発生以来、ダマスカスで报告された颁翱痴滨顿-19による死亡者数に颁翱痴滨顿-19感染の数理モデルを当てはめ、モデルで予测された死亡者数と报告された过剰死亡者数を比较しました。过小把握に関する様々な仮定を検讨した结果、ダマスカスでは颁翱痴滨顿-19による死亡のわずか1.25％（感度范囲1％～3％）しか报告されていないことが推定されます。过小把握を考虑すると、病床数の超过に関する地域の报告も里付けられます。私たちは、推定された流行动态を検証するため、代替データソースとしてコミュニティにアップロードされた死亡诊断书を利用して、7月から8月の间にダマスカスでは死亡率が大幅に过小把握されていることを确认しました。この过小把握の度合いは、ダマスカスでの流行が、监视レポートで示されるよりもはるかに后の段阶にあることを示しています。2020年9月2日の时点で、ダマスカスでは颁翱痴滨顿-19による4,340人（95％信頼区间：3,250～5,540人）の死亡が见过ごされていた可能性があります。ダマスカスはシリアで最も强力な监视が行われている可能性が高いことを考虑すると、これらの结果は、シリアの他の地域でも颁翱痴滨顿-19による死亡率は同等またはそれ以上であった可能性があると考えられます。

ソフトウェアコードや、データ、补足表、分析スクリプト、図表はすべて、こちらのリンク先の搁研究概要に掲载されています。

Espa?ol - Spanish

15 de septiembre de 2020 - 51吃瓜网

Informe resumido 31 - Estimación del insuficiente registro de mortalidad por COVID-19: análisis de nuevas fuentes de datos para comprender la dinámica de la COVID-19 en Damasco (Siria)

La pandemia de COVID-19 ha provocado una gran mortalidad en todo el mundo. Sin embargo, hasta la fecha, los países del Oriente Medio y África han notificado tasas de mortalidad sustancialmente más bajas que las de Europa y América. Si bien una hipótesis es que estos países se han «salvado», otra es que las muertes no se han registrado suficientemente (no se han notificado muertes debido a una serie de razones, como, por ejemplo, la capacidad limitada de realización de pruebas). No obstante, la dimensión del insuficiente registro es difícil de evaluar con los datos actualmente disponibles. En este análisis estimamos el posible insuficiente registro de mortalidad por COVID-19 en Damasco (Siria), donde se han notificado datos de mortalidad por todas las causas entre el 25 de julio y el 1 de agosto. Ajustamos un modelo matemático de transmisión de COVID-19 a las muertes por COVID-19 notificadas en Damasco desde el comienzo de la pandemia y comparamos las muertes previstas por el modelo con el exceso de muertes notificadas. Al explorar una gama de diferentes supuestos sobre el insuficiente registro, estimamos que en Damasco solo se notifican el 1,25 % de las muertes por COVID-19 (rango de sensibilidad del 1 % al 3 %). Si se tiene en cuenta el insuficiente registro también se corroboran los informes locales sobre la superación de la capacidad de camas en los hospitales. Para validar la dinámica de la epidemia inferida, aprovechamos los certificados de defunción cargados por la comunidad como fuente de datos alternativa, que confirma el insuficiente registro de la amplia mortalidad que tuvo lugar en Damasco entre julio y agosto. Dicho nivel de insuficiente registro indica que Damasco se encuentra en una etapa mucho más tardía de su epidemia de la que indican los informes de vigilancia. Estimamos que 4340 (95 % IC: 3250 - 5540) muertes por COVID-19 en Damasco pueden haberse pasado por alto a partir del 2 de septiembre de 2020. Dado que es probable que Damasco sea el lugar de Siria que se beneficia de la mayor vigilancia, esos resultados indican que otras regiones del país podrían haber experimentado tasas de mortalidad por COVID-19 similares o peores.

Todos los códigos de software, datos, tablas suplementarias, scripts de análisis y cifras están disponibles en un «R research compendium» en 

Fran?ais - French

15 septembre 2020 - 51吃瓜网

Rapport de synthèse 31 - Estimation de la sous-évaluation de la mortalité de la COVID-19 : analyse de nouvelles sources de données pour donner un aperçu de la dynamique de la COVID-19 à Damas, en Syrie

La pandémie de COVID-19 a entraîné une mortalité importante dans le monde entier. Toutefois, à ce jour, les pays du Moyen-Orient et d’Afrique ont fait état de taux de mortalité nettement inférieurs à ceux de l’Europe et des Amériques. Une hypothèse consiste à dire que ces pays ont été « épargnés », mais une autre que les décès ont été sous-évalués (décès non signalés pour diverses raisons, par exemple en raison d’une capacité de tests limitée). Cependant, l’ampleur de la sous-estimation est difficile à évaluer avec les données disponibles à l’heure actuelle. Dans cette analyse, nous estimons la sous-évaluation potentielle de la mortalité liée à la COVID-19 à Damas, en Syrie, où les données de mortalité, toutes causes confondues, ont été communiquées entre le 25 juillet et le 1er août. Nous adaptons un modèle mathématique de la transmission de la COVID-19 aux décès signalés à Damas depuis le début de la pandémie, et nous comparons les décès prévus par le modèle à la surmortalité signalée. En explorant une série de différentes hypothèses relatives à la sous-évaluation, nous estimons que seulement 1,25 % des décès (plage de sensibilité de 1 % à 3 %) dus à la COVID-19 sont signalés à Damas. La prise en compte de la sous-évaluation corrobore également les rapports locaux faisant état de la sursaturation de la capacité des lits d'hôpitaux. Afin de valider la dynamique présumée de l'épidémie, nous utilisons les certificats de décès téléchargés par la communauté comme source de données alternative, ce qui confirme une sous-estimation importante de la mortalité à Damas entre juillet et août. Ce niveau de sous-évaluation suggère que Damas se trouve à un stade beaucoup plus avancé de son épidémie que ne le suggèrent les rapports de surveillance. Nous estimons que 4 340 (IC 95 % : 3 250 - 5 540) décès dus à la COVID-19, à Damas, n’ont probablement pas été comptabilisés à la date du 2 septembre 2020. Damas faisant probablement l'objet de la surveillance la plus rigoureuse en Syrie, ces résultats suggèrent que d’autres régions du pays pourraient avoir connu des taux de mortalité similaires ou plus importants dus à la COVID-19.

Tous les codes logiciels, données, tableaux supplémentaires, scripts d’analyse et illustrations sont disponibles dans un « R research compendium » à l'adresse suivante 

Italiano - Italian

15 settembre 2020 - 51吃瓜网 

Report 31 - Stima della sottovalutazione della mortalità da COVID-19: un'analisi di nuove fonti di dati per fornire informazioni sulle dinamiche di COVID-19 a Damasco, in Siria 

La pandemia di COVID-19 ha provocato una mortalità sostanziale in tutto il mondo. Tuttavia, ad oggi, i paesi del Medio Oriente e dell'Africa hanno riportato tassi di mortalità sostanzialmente inferiori rispetto all'Europa e alle Americhe. Un'ipotesi è che questi paesi siano stati "risparmiati", ma un'altra è che i decessi siano stati sottovalutati (decessi che non sono stati segnalati per una serie di motivi, ad esempio a causa della limitata capacità di test). Tuttavia, il livello di sottovalutazione è difficile da valutare con i dati attualmente disponibili. In questa analisi, stimiamo la potenziale sottovalutazione della mortalità da COVID-19 a Damasco, Siria, dove sono stati riportati i dati sulla mortalità per tutte le cause tra il 25 luglio e il 1° agosto. Adattiamo un modello matematico di trasmissione di COVID-19 ai decessi di COVID-19 segnalati a Damasco dall'inizio della pandemia e confrontiamo i decessi previsti dal modello con i decessi in eccesso riportati. Esplorando una serie di diverse ipotesi sulla sottovalutazione, stimiamo che solo l'1,25% dei decessi (intervallo di sensibilità 1% - 3%) dovuti a COVID-19 siano riportati a Damasco. Una sottostima dei casi corrobora anche segnalazioni locali di superamento della capacità dei posti letto ospedalieri. Per convalidare le dinamiche epidemiche dedotte, utilizziamo certificati di morte caricati dalla comunità come fonte di dati alternativa, che conferma l'ampia sottovalutazione della mortalità a Damasco tra luglio e agosto. Questo livello di sottovalutazione suggerisce che Damasco è in una fase molto più avanzata della sua epidemia rispetto a quanto suggerito dai rapporti di sorveglianza. Stimiamo che 4,340 (95% IC: 3,250 – 5,540) decessi dovuti a COVID-19 a Damasco potrebbero non essere stati rilevati a partire dal 2 settembre 2020. Dato che è probabile che Damasco abbia la sorveglianza più robusta in Siria, questi risultati suggeriscono che altre regioni del paese abbiano sperimentato tassi di mortalità simili o peggiori a causa del COVID-19. 

Tutti i codici software, i dati, le tabelle supplementari, gli script di analisi e le figure sono disponibili in un compendio di ricerca R su . 

 

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