Report 39 - Characterising COVID-19 epidemic dynamics and mortality under-ascertainment in Khartoum, Sudan | Faculty of Medicine

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Report 39 - Characterising COVID-19 epidemic dynamics and mortality under-ascertainment in Khartoum, Sudan

Key info

Date:
01 December 2020

Authors:
Oliver J. Watson, Nada Abdelmagid, Aljaile Ahmed, Abd Elhameed Ahmed Abd Elhameed, Charles Whittaker, Nicholas Brazeau, Arran Hamlet, Patrick Walker, James Hay, Azra Ghani, Francesco Checchi, Maysoon Dahab

¹Correspondence:
o.watson15@imperial.ac.uk

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WHO Collaborating Centre for Infectious Disease Modelling, MRC Centre for Global Infectious Disease Analysis, Abdul Latif Jameel Institute for Disease and Emergency Analytics (J-IDEA), in collaboration with the London School of Hygiene and Tropical Medicine, the Sudan COVID-19 Research Group, Sudan Youth Peer Education Network, and the Harvard T.H. Chan School of Public Health.

Summary

A mitigated COVID-19 epidemic (slowing but not stopping epidemic spread) occurred in Khartoum between April and September 2020.
In order to predict the trajectory of the emerging second wave, we estimate the level of mortality detected during the first wave and subsequently infer levels of immunity.
Between April and September 2020, we estimate that 2% (sensitivity range 2% - 5%) of deaths due to COVID-19 were reported in official reported mortality numbers.
We estimate there were 16,090 (95% CI: 14,300 - 17,990) undetected COVID-19 deaths up to 20 November.
We estimate high levels of immunity after the end of the first wave of COVID-19 in Khartoum with 38.0% (95% CI: 35.0% - 41.1%) infected by 20 November 2020.
Reductions in COVID-19 incidence during the first wave were due to both the implemented interventions and increasing immunity in the population.
Interventions lead to a reduction in R from 3.5 to 1 by 20 April.
The effective reproduction number continued to fall after 20 April, falling to 0.8 at the beginning of July due to increasing immunity.
The ending of stringent suppression measures in July resulted in transmission increasing, with continued increases in mobility resulting in R rising above 1 during September.
In the absence of further increases in transmission, we predict that the second wave will peak before the beginning of 2021.
We project the second wave to be similar in size to the first wave sustained in the summer if transmission is maintained at current levels.
If instead mortality under-ascertainment is at the upper end of our range (5%), then we estimate a smaller first wave. This means that fewer people will be immune and hence we would project a larger second wave.
In the absence of implementing new suppressive measures, continued shielding of high-risk individuals is important to help reduce mortality during the second wave.
Historic mortality investigations are needed to help confirm the level of mortality missed and to inform the trajectory of the second wave and how long shielding should be maintained.

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Espa?ol - Spanish

1 de diciembre de 2020 — 51郭肱利

Informe resumido 39: Caracterización de la dinámica de la epidemia de la COVID-19 y la determinación insuficiente de casos de mortalidad en Jartum (Sudán)

Entre abril y septiembre de 2020 tuvo lugar una epidemia mitigada de la COVID-19 (que ralentizó pero no detuvo la propagación epidémica) en Jartum.
Con el fin de prever la trayectoria de la incipiente segunda ola, estimamos el nivel de mortalidad detectado durante la primera ola y posteriormente inferimos los niveles de inmunidad.
Entre abril y septiembre de 2020, calculamos que el 2 % (rango de sensibilidad entre el 2 % y el 5 %) de los fallecimientos por la COVID-19 se incluyeron en las cifras de mortalidad oficiales.
Estimamos que hubo 16 090 (95 % IC: 14 300-17 990) fallecimientos por la COVID-19 no detectados hasta el 20 de noviembre.
Prevemos altos niveles de inmunidad tras el fin de la primera ola de COVID-19 en Jartum, con un 38,0 % (95 % IC: 35,0 %-41,1 %) de infectados hasta el 20 de noviembre de 2020.
La reducción de incidencias de COVID-19 durante la primera ola se debió tanto a las medidas implementadas como a la creciente inmunidad de la población.
Estas medidas dieron lugar a una reducción del número de reproducción (R) de 3,5 a 1 para el 20 de abril.
El número de reproducción efectivo siguió disminuyendo después del 20 de abril, llegando a 0,8 a principios de julio debido al aumento de la inmunidad.
El fin de las estrictas medidas de contención en julio dio lugar a un incremento de la transmisión debido al aumento continuado de la movilidad, lo que provocó que el R superase la cifra de 1 durante el mes de septiembre.
Si la transmisión no sigue aumentando, prevemos que la segunda ola alcanzará su punto máximo antes del inicio de 2021.
Estimamos que, si se mantienen los niveles actuales de transmisión, la segunda ola tendrá una magnitud similar a la de la primera ola experimentada en verano.
Si, por el contrario, la insuficiente determinación de la mortalidad se encuentra en la franja superior de nuestro rango (5 %) estimamos que la primera ola fue de menor magnitud. Esto significa que menos personas serán inmunes y, por tanto, prevemos una segunda ola de mayor magnitud.
En caso de que no se implementen nuevas medidas de contención, resultará fundamental proteger de manera constante a las personas de mayor riesgo para conseguir reducir la mortalidad durante la segunda ola.
Es necesario realizar investigaciones históricas de mortalidad para poder confirmar el nivel de mortalidad no determinado, informar de la trayectoria de la segunda ola y explicar cómo mantener la protección a largo plazo.

Fran?ais - French

1er décembre 2020 – 51郭肱利

Rapport de synthèse 39 – Caractérisation de la dynamique de l’épidémie de COVID-19 et de la sous-évaluation de la mortalité à Khartoum, Soudan

Une épidémie de COVID-19 modérée (ralentissant, mais n’arrêtant pas la propagation épidémique) est survenue à Khartoum entre avril et septembre 2020.
Afin de prévoir la trajectoire de la seconde vague émergente, nous estimons le taux de mortalité détecté pendant la première vague et en déduisons ensuite le niveau d'immunité.
Entre avril et septembre 2020, nous estimons que 2 % (fourchette de sensibilité entre 2 % et 5 %) des décès liés à la COVID-19 étaient comptabilisés dans les chiffres de la mortalité déclarés officiels.
Nous estimons qu’il y a eu 16 090 (IC de 95 % : 14 300 - 17 990) décès liés à la COVID-19 non détectés jusqu’au 20 novembre.
Nous estimons le niveau d'immunité élevé après la fin de la première vague de COVID-19 à Khartoum avec 38,0 % (IC de 95 % : 35,0 % - 41,1 %) de personnes infectées jusqu’au 20 novembre 2020.
Le recul de l’incidence de la COVID-19 pendant la première vague était dû aux interventions réalisées et à l'immunité croissante au sein de la population.
Les interventions ont entraîné une baisse du R, qui est passé de 3,5 à 1 avant le 20 avril.
Le taux de reproduction réel a continué à baisser après le 20 avril, passant à 0,8 au début de juillet en raison de l'immunité croissante.
La fin des mesures répressives strictes en juillet a entraîné une hausse de la transmission, avec une augmentation continue de la mobilité, ce qui a fait que le R est passé au-dessus de 1 en septembre.
En l'absence de nouvelles hausses de la transmission, nous prédisons que la seconde vague atteindra son pic avant début 2021.
Nous prévoyons que la seconde vague sera de nature similaire à la première qui a eu lieu en été si la transmission est maintenue à son niveau actuel.
Si la sous-évaluation de la mortalité se situe dans la tranche supérieure de notre fourchette (5 %), nous estimons alors une première vague de plus faible ampleur. Cela signifie que moins de personnes seront immunisées et donc, nous prévoyons une seconde vague de plus grande ampleur.
En l’absence de nouvelles mesures répressives, il est important de continuer à protéger les personnes très vulnérables afin de réduire la mortalité pendant la seconde vague.
D’anciennes enquêtes sur la mortalité sont nécessaires pour permettre de confirmer le taux de mortalité manqué, de fournir des informations sur la trajectoire de la seconde vague et de savoir comment une protection à long terme doit être maintenue à son niveau actuel.

Italiano - Italian

Report 39 – Caratterizzare le dinamiche epidemiche COVID-19 e la sottovalutazione della mortalità a Khartoum, Sudan

Un'epidemia mitigata di COVID-19 (una diffusione rallentata ma non interrotta dell'epidemia) si è verificata a Khartoum tra aprile e settembre 2020.
Al fine di prevedere la traiettoria dell’emergente seconda ondata, stimiamo il livello di mortalità rilevato durante la prima ondata e successivamente inferiamo i livelli di immunità.
Tra aprile e settembre 2020, stimiamo che il 2% (intervallo di sensibilità 2% - 5%) dei decessi dovuti a COVID-19 sia stato riportato nei numeri di decessi riportati ufficialmente.
Stimiamo che ci siano stati 16,090 (95% CI: 14,300 – 17,990) morti per COVID-19 non rilevate fino al 20 novembre.
Stimiamo alti livelli di immunità dopo la fine della prima ondata di COVID-19 a Khartoum, con il 38.0% (95% CI: 35.0% - 41.1%) infettato entro il 20 novembre 2020.
Le riduzioni dell'incidenza di COVID-19 durante la prima ondata erano dovute sia agli interventi implementati che all'aumento dell'immunità nella popolazione.
Gli interventi portano a una riduzione di R da 3.5 a 1 entro il 20 aprile.
Il numero di riproduzione effettivo ha continuato a diminuire dopo il 20 aprile, scendendo a 0,8 all'inizio di luglio a causa dell'aumento dell'immunità.
La fine di rigorose misure di soppressione a luglio ha determinato un aumento della trasmissione, con continui aumenti della mobilità ed un conseguente aumento di R oltre 1 nel mese di settembre.
In assenza di ulteriori aumenti della trasmissione, prevediamo che la seconda ondata raggiungerà il picco prima dell'inizio del 2021.
Prevediamo che la seconda ondata sia di dimensioni simili alla prima ondata sostenuta in estate se la trasmissione viene mantenuta ai livelli attuali.
Se invece la sottovalutazione della mortalità è al limite superiore del nostro intervallo (5%), allora stimiamo una prima ondata più piccola. Ciò significa che meno persone saranno immuni e quindi proietteremmo una seconda ondata più ampia.
In assenza dell’implementazione di nuove misure soppressive, la continua protezione di individui ad alto rischio è importante per aiutare a ridurre la mortalità durante la seconda ondata.
Sono necessarie indagini sulla mortalità storica per confermare il livello di mortalità mancato e per informare la traiettoria della seconda ondata e per quanto tempo deve essere mantenuta la protezione.

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